大葱软腐病在田间或贮藏期均可发病。发病时,葱外部叶子下放会产生灰白色或半透明的病斑,叶鞘基部软化最终倒伏。葱头颈部(鳞茎颈部)会出现被水淹过一样的软状凹陷,内部腐烂恶臭,严重时底部根茎会流出白色或褐色伴有恶臭感的汁液。