该病由真菌侵染所致,病原菌可在土壤、病残体、未经腐熟的肥料及种子中越冬,并在土壤中存活5年左右。病原菌通过种子带菌传播,从南瓜根部侵入为害,根部受伤或线虫为害的伤口有助于病原菌侵染。本病在苗期、伸蔓期至结果期均可发生,以开花坐果期和果实膨大期为发病高峰,果实开始成熟时病害趋于稳定。其典型症状是萎蔫。幼苗发病时,子叶萎蔫或全株枯萎,呈猝倒状。开花结果后发病,病株叶片逐渐萎蔫,似缺水状,中午更为明显,早晚尚能恢复,数日后整株叶片呈褐色腐烂,稍缢缩,茎基部纵裂,裂口处有时溢出琥珀色胶状物。将病茎纵剖,可见维管束呈黄褐色。在潮湿环境下,病部表面常产生白色及粉色霉状物,即病菌分生孢子。