球虫病可以在医生的指导下应用氯喹片、复方磺胺甲噁唑片等药物进行治疗。
氯喹片的主要成分是氯喹双磷酸盐，属于抑制类药物，在疾病治疗中主要起到抑制作用。氯喹片通过进入球虫的脱氧核糖核酸的双链中间，切断脱氧核糖核酸的繁殖，阻止球虫在机体内繁殖，后可经肝、肾排出体外，药物利用率可达到百分之八十。
复方磺胺甲噁唑片是磺胺甲恶唑与甲氧苄啶的复方制剂，主要用于治疗革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌等的感染。球虫的繁殖依赖于叶酸，磺胺甲恶唑破坏二氢叶酸合成酶的合成，甲氧苄啶则破坏二氢叶酸还原酶的还原反应，二者共同作用使叶酸合成双向受阻，导致球虫繁殖障碍，达到治疗球虫病的效果。