茼蒿炭疽病主要为害叶片和茎。叶片染病初生黄白色至黄褐色小斑点，后扩展为不定形或近圆形褐斑，边缘稍隆起，大小2～5毫米；茎染病初生黄褐色小斑，后扩展为长条形或椭圆形稍凹陷的褐斑，病斑绕茎1周后，病茎褐变收缩，致病部以上或全株枯死，湿度大时，病部溢出红褐色液，即病原菌的分泌物。
预防措施包括：与非菊科蔬菜实行2～3年轮作，清沟沥水，防止大水漫灌；施用腐熟的堆肥，避免偏施过施氮肥；保护地要加强通风，降低湿度。
化学防治方法：在发病初期喷80%炭疽福美可湿性粉剂600～800倍液，或50%灭霉灵可湿性粉剂600～800倍液，或40%多·福·溴菌可湿性粉剂400～500倍液，或50%利得可湿性粉剂600～800倍液，或80%新万生可湿性粉剂500～600倍液。隔7～10天喷1次，连续2～3次。棚室栽培可用烟剂或粉尘剂防治。
此外，还可以使用多菌灵、甲基托布津、代森锌、醚菌酯、咪酰胺、恶霜嘧铜菌酯等交替喷雾防治，间隔5-7天一次，连续2-3次。在病害发生初期，可用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液等进行防治。
从种子开始防治，用高猛酸钾溶液对种子消毒一次，以清水冲洗干净后浸种、摧芽。栽培时注意适时通风，合理的温、湿度，尽可能使温度稍低；阴雨连绵时应适当补施硫酸钾增加茼蒿抗性；施氮肥时应控制不可过量，注意三要素合理搭配，茼蒿生长速度快，对于病虫害以防为主，不可在发病期间施药防治，做到以上几点一般可确保高产稳产。