废弃资源在肥料中的应用是一项系统工程，需要多学科协作攻关和规范市场行为，才能以最低成本处理废弃物并获得高质量肥料。通过市场主导、政府扶持，鼓励企业参与，建立废弃物标准化分类收集、规范化转运、专业化处理、商品化应用的运营机制，延伸农业废弃物转化增值的产业链。农业秸秆可制取沼气、成为农用有机肥料，也可作为牲畜的粗饲料和栏圈铺垫料。将禽畜粪便、栏圈铺垫物或切碎秸秆与人畜粪尿混合进行高温堆肥，可杀灭致病菌、寄生虫卵、植物害虫及杂草种子，再投入沼气池发酵产生沼气，既提供燃料又获得优质有机肥料，同时防止苍蝇孳生。这种方法在中国农村广泛应用，并受到国际重视。蚯蚓富含蛋白质，是家禽、鱼类的优质饲料，蚯蚓粪是综合性有机肥料。利用农业秸秆、禽畜粪便及其铺垫物作为蚯蚓食料，可推广蚯蚓人工养殖业。农业废弃物的资源化利用不仅减少污染，还通过秸秆综合利用直接推动绿色循环农业，生产生物有机肥料和生物质燃料等。