炭疽病菌主要在果台枝、枯死枝、僵果等部位越冬。翌年5月、6月遇持续时间较长的阴雨天，越冬病菌即可大量产生孢子，并随雨水传播、侵染幼果。6~10天后，初侵染果实发病，并产生大量分生孢子进行再次侵染。同时也能从伤口侵染，侵入成功率高。病菌侵染后生长扩展快。夏季高温、高湿条件下，炭疽病的潜育期最短只有3天。炭疽病的流行速度快，防治难度大。7月、8月高温季节，每次持续时间较长的降雨都可导致病果率数十倍甚至上百倍地增长，短期内可导致大量果实发病。
苹果炭疽病是一种高等真菌性病害，病菌主要以菌丝体在枯死枝、破伤枝、死果台及病僵果上越冬，也可在刺槐上越冬。第2年苹果落花后，潮湿条件下越冬病菌可产生大量病菌孢子，成为初侵染源。分生孢子借风雨、昆虫传播，从果实皮孔、伤口或直接侵入为害。病菌从幼果期至成果期均可侵染果实，但前期发生侵染的病菌由于幼果抗病力较强而处于潜伏状态，不能造成果实发病，待果实近成熟期后抗病力降低才导致发病，该病具有明显的潜伏侵染现象。近成熟果实发病后产生的病菌孢子(粉红色黏液)可再次侵染为害果实，该病在田间有多次再侵染。尤其在7、8月份高温、高湿条件下，病菌繁殖快，传染迅速，即雨水越多、降雨时间越长，发病率越高。晚秋气温降低时发病减少，但感病果实仍继续发病。
不同苹果品种，炭疽病感染程度差异很大。在现有栽培品种中，以国光、红富士发病最重，金冠、元帅、红星、青香蕉发病轻。
