苹果的主要病虫害包括：白粉病、根腐病、褐斑病、腐烂病、早期落叶病、锈病、炭疽病、轮纹病、日灼病、霉心病和虎皮病等。主要害虫有：蚜虫、叶螨类（红蜘蛛）、介壳虫、金文细蛾、卷叶蛾、金龟子、苹果蠹蛾、天幕毛虫、梨小食心虫、桃小食心虫、树虱、黄蚜、绵蚜、梨网蝽、苹果瘤蚜、苹果球蚧和康氏粉蚧等。
病害方面：腐烂病由苹果黑腐皮壳菌引起，主要危害枝干和果实，3至4月为发病高峰期。轮纹病由苹果黑星孢引起，5至8月高温多雨季节易发，影响枝干和果实。炭疽病由真菌引起，5月后温暖干燥时期易在叶片和果实上发病。褐斑病表现为绿缘褐斑型、同心轮纹型和针芒型等，主要危害叶片和果实。斑点落叶病主要危害元帅系和金冠类苹果品种，多雨季节易发。白粉病可通过氟硅唑、戊唑醇等药剂防治。霉心病影响苹果心脏部位，虎皮病则影响苹果贮藏品质。
害虫方面：黄蚜、绵蚜、梨网蝽、山楂叶螨（红蜘蛛）、苹果绵蚜、苹果瘤蚜、苹果球蚧和康氏粉蚧均以刺吸式口器取食苹果叶片、果实或新梢。
果树粗皮、翘皮下是害虫和病菌越冬的场所，刮除并集中烧毁可有效消灭树皮缝中越冬的病菌、害虫和虫卵。
