西瓜苗期主要病害包括立枯病、猝倒病及叶部病害（如炭疽病、蔓枯病和细菌性叶斑病等）。针对这些病害的防治方法如下：
对于立枯病，可以使用瑞苗清进行喷淋治疗。猝倒病的防治则可以通过施用普力克进行喷淋，或者在覆土时预先混合苗菌敌。叶部病害的防治可以采用阿米妙收（含嘧菌酯或苯醚甲环唑）、农用链霉素、阿米西达（含嘧菌酯）、世高（含苯醚甲环唑）以及琥胶肥酸铜等药剂。
在西瓜苗期用药时，需特别注意药剂的安全性。推荐使用“75％达克宁可湿性粉剂”600倍液，该药剂不含金属离子，对苗期安全。同时，如果西瓜苗出现发黄现象，可能需要调整温度和减少浇水次数及水量，以避免因低温或土壤湿度过大导致的沤根问题。
