根据环境条件和发病时期的不同可分为第一次侵染（系统侵染）和第二次侵染。第一次侵染发生在秋季苗床或早春，冬季菌丝发展，翌年春季出现病斑。幼苗感病后生长不良，叶无光泽，叶身扭曲，春转暖后病斑扩展快，并可危害新生叶。当空气湿润时，病斑生出稀疏的白色或灰紫色霉状物。病株作为发病中心继续蔓延，形成再次侵染，主要危害叶部和采种株的花薹。
症状表现有5种类型：①叶片被害部位的表面覆有淡紫色绒状霉；②叶部发生长卵形或椭圆形淡黄绿色病斑，表面长出白色或灰紫色霜霉，经雨冲刷后病斑变为灰白色叶片枯死；③产生大小不同形状的黄色病斑，但不着生霉状物；④椭圆形病斑周围有宽2～3毫米稍凹陷的灰白色圈带；⑤在持续干旱的条件下，呈现灰白色小形病斑，后期往往在病部又被灰霉病、黑斑病等半腐生菌侵染而产生灰色或黑色霉状物。
鳞茎受害后，外部鳞片变软、皱缩，有时混发软腐病。本病的特征为病斑较大、长椭圆形、黄白色，雨后病斑变为灰白色，潮湿时病斑上长出稀疏白霉，高温时长出灰紫色霉。洋葱霜霉病主要危害叶和花梗，鳞茎也可受害。叶片和花梗染病，初生黄白色椭圆形病斑，湿度大时易产生灰白色霉层，后期霉层变为紫灰色或者淡黄色，即病菌的孢囊梗及孢子囊。
霜霉病也会发生系统感染，导致植株生长迟缓出现矮缩现象。当发病条件适宜时，霉层直接从叶片或花梗上长出，随后叶片、花梗逐渐由绿变黄。染病植株可造成病部及以上组织干枯。洋葱鳞茎染病后变软，叶片畸形扭曲，外部鳞片粗糙皱缩，染病植株普遍矮化。