辣椒青枯病是土壤传播的一类细菌性病害，病菌通过作物根部的伤口侵染，进入维管束并堵塞输导系统，使水分不能进入茎叶而引起青枯。辣椒枯萎病发生时，叶片自下而上逐渐变黄并大量脱落，茎基部皮层呈水浸状腐烂，地上部茎叶迅速凋萎，地下根系呈水浸状软腐，维管束变为褐色。
青枯病和枯萎病在病原菌种类、萎蔫速度、萎蔫顺序和维管束变化上存在差异。青枯病由青枯假单胞杆状细菌引起，枯萎病由半知菌亚门镰孢霉属尖镰菌引起。青枯病发病迅速，从显症开始只需4-6天便会凋萎、死亡，表现为全株急性型萎蔫，而枯萎病株从叶片开始垂萎，凋枯直至死亡需12-15天。枯萎病的萎蔫顺序是从下往上，而青枯病的萎蔫顺序是从上往下。青枯病挤压维管束时会有粘液，而枯萎病没有。
在防治方面，可以根据病害的不同特点选择相应的药剂进行喷雾或灌根治疗。如果实在分不清，可以综合用药，如内吸性较好的防治真菌病害的嘧菌酯搭配细菌性的春雷霉素。青枯病导致植株的细根首先褐变，不久开始腐烂并消失，切开接近地面部位的病茎可以发现维管束微有褐变，并从该部位分泌出白色混浊污汁。枯萎病由真菌或细菌引致，发病突然，症状包括严重的点斑、凋萎或叶、花、果、茎或整株植物的死亡。