利用杀真菌药剂处理种子处理，例如用拌种双、多菌灵或福美双的种衣剂拌种。在开花结荚初期可喷洒多菌灵、甲基托布津等杀菌剂。带菌种子是发病初侵染来源之一，播前种子应进行处理，消灭种子上的病菌，既减轻幼苗被害又可减少田间菌源量。该病病粒症状明显，可根据病害在种子上的特征，人工拣出病粒，然后种子用药剂消毒，可用50%福美双可湿性粉剂拌种，剂量为种子重量的0.3%。或用80%乙蒜素乳油500倍液浸种。
开花始期、蕾期、结荚期、嫩荚期各喷1次30%碱式硫酸铜悬浮剂400倍液，或50%多·霉威可湿性粉剂1000倍液，或80%乙蒜素乳油1000~1500倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，或36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液。开花始期、蕾期、结荚期、嫩荚期是防治紫斑病的关键时期。可喷洒下列药剂：57.6%氢氧化铜水分散粒剂；33.5%喹啉铜悬浮剂；3%中生菌素；5%春雷霉素氢氧化铜粉尘剂；70%代森锰锌可湿性粉剂。
