苹果痘斑病多发生在采收前,以果实的向阳面症状明显,果顶症状多、肩部少。发病初以皮孔为中心形成直径约1毫米的小斑点,果皮变为褐色至暗褐色,周围有紫红色晕圈,此时果肉仍为白色或变褐部分很浅。后随病情的发展,病部组织凹陷,形成直径1~2毫米的暗褐色痘斑,痘斑下深及1毫米左右的果肉组织变褐,呈海绵状。病果皮下果肉首先变褐,干缩成海绵状,逐渐在果面上出现圆形稍凹陷的变色斑,病斑在黄色或绿色品种上为暗绿色,在红色品种上为暗红色。后期病部果肉干缩,表皮坏死,显现出凹陷的褐斑。病部食之有苦味。枝干,产生圆形或近圆形褐色斑点,后期上面长出黑色小粒点。叶片,在叶面上产生圆形或近圆形褐色斑点,后期上面长出黑色小粒点。5mm左右。病斑形状不规则,稍凹陷,果肉稍有苦味,周围有红色晕圈,与苹果痘斑病相似。病斑上长出的小黑点,为病菌的分生抱子座或菌丝结。在果实成熟期和贮藏期形成分生孢子器。果实,发病初期围绕皮孔,出现深褐色至黑褐色或墨绿色病斑,病斑大小不一,小的似针尖状。