南瓜病毒病的症状主要表现为：
1.花叶型：叶片上出现黄绿相间的花叶斑驳，叶片成熟后叶小、皱缩、边缘卷曲。果实上表现为瓜条出现深浅绿色相间的花斑，严重时植株矮化，叶片及果实小而畸形，并有许多瘤状突起，果面凹凸不平。
2.皱叶型：多出现在成株期，叶片出现皱缩，病部出现隆起绿黄相间斑驳，叶片边缘难于开展，同时叶片变厚、叶色变浓。
3.蕨叶型：南瓜植株生长点新叶变成蕨叶，成鸡爪状。果实受害后果面出现凹凸不平、颜色不一致的色斑，而且果实膨大不正常。
田间症状主要表现为叶片出现黄斑以及深浅相间斑驳花叶，叶脉浓绿，凹凸不平；有的表现黄化、皱缩、蕨叶等症状。
