辣椒根腐病主要由腐霉菌、镰刀菌、疫霉菌等多种病原侵染引起，病菌能在土壤或随病残体在土壤中越冬，翌年侵染辣椒根部，且可在土壤中长时间存活。当幼苗定植后，适宜的温度和水分环境会加速病菌繁殖，从辣椒根部侵入。该病是辣椒常见病害之一，各菜区均有发生，露地栽培、保护地栽培都可发病，春季多雨、梅雨期间多雨的年份发病严重，常造成根系腐烂、植株枯死。
感染后，辣椒根部会出现褐变甚至变黑，正常根部应为白色或浅黄色。受感染的根部逐渐凋萎，植株整体生长势明显减弱，严重时整株辣椒会萎蔫、死亡。由于根部受损，根系无法提供足够支撑力，植株会出现倒伏，严重影响正常生长。感染程度加重时，辣椒叶片会逐渐发黄，并可能出现枯萎脱落。
辣椒根腐病菌喜温暖潮湿环境，适宜发病温度为10-35℃，最适发病环境温度为18-28℃，相对湿度90%以上，最适感病生育期为始花至座果期，发病潜育期5-7天。病原菌为腐皮镰孢菌，可在土壤中存活10年以上，通过肥料、工具、雨水及流水等方式传播。
