有目的地创造有利于植物生长结果的环境条件，采用先进科学的农业培管措施，增强长势，提高抗性；同时创造不利于病虫害发生发展的抑制条件和减轻病虫草害危害的程度。这是最经济、最基础的防治措施。
1.消灭病源。冬季结合修剪清园，剪除病枯枝，早春主干刮皮。木瓜采收之后将田间的枯枝败叶、落叶、病果以及田间的杂草清除至田外烧毁。
2.及时除草。杂草过大会增加田间湿度，加速病原菌滋生，及时除草可创造整洁的田园环境，减少病原菌滋生。
3.科学浇水。木瓜生长需要水分，每次施肥后及时浇水，少量多次，避免积水。雨季做好排水工作，防止田间积水。
4.药剂防治。发芽前喷施100倍液福美砷或5波美度石硫合剂，或5%菌毒清水剂100倍液，2%农抗水剂100倍液。5月下旬开始喷布杀菌剂，每20天左右喷1次，喷3-5次。
木瓜轮纹病是木瓜生长中后期发生较严重的病害，尤其在夏秋高温高湿时，会导致果实发黑腐烂，失去商品价值，造成直接经济损失。因此，农户应重视并充分了解该病害的防治方法。木瓜轮纹病可用多菌灵等杀菌剂防治。
