冬天水蛭管理需注意越冬管理。入冬后，气温降至10℃以下，蚂蟥停止摄食，钻入土中或树叶下冬眠。早春放养的蚂蟥一般已长成成体，可加工出售。捕捞时，先排完水，用网捞起，选个体大、生长健壮的留种，每亩留种15～20千克，集中投入育种池越冬。排水后，可在池面加盖稻草或木杆防冻并保持泥土湿润，也可带冰越冬，适当加深池水以防完全结冰。
北方水蛭养殖应建立日光越冬温室，打破冬眠习性，增加养殖时间，缩短上市周期。日光温室一般为竹木塑苫结构，北部墙体为土铸或砖混，厚0.8-1.5m，东西向，长30-50m，南北跨度10-15m，主柱数量5-7排。上覆无滴塑膜及可卷放的稻草苫，留出门、通道及风口。严寒雪封季节，需做好除雪和人工增温措施。高级温室可用塑钢无立柱方式，造价较高。
通过建造日光温室，有计划地捕大留小，集中越冬。期间需密切注意温室内外温度变化，增氧防风、抗寒等，保障水蛭正常生长和越冬，为次年准备足够蛭种。养殖好的地方有监利、江西、贵州等。