苹果褐腐病病害的流行主要和雨水、湿度有关，多雨高温条件下发生较重。在贮藏运输过程中，由于挤压、碰撞，常造成大量伤口，高温高湿，病害会迅速传播蔓延；贮藏期病果上的病菌也可侵害相邻果实，使其发病。褐腐病菌主要以菌丝体在病、僵果上越冬，翌年高温高湿条件下产生大量病菌孢子，通过风雨或气流传播，主要从伤口(虫伤、刺伤、碰伤、雹伤、裂伤等机械伤口)或皮孔侵染危害近成熟果实，潜育期5~10天。该病在果园内可有多次再侵染。越冬病僵果的多少是影响该病发生轻重的主要因素，且果园内常有积累发病习性苹果近成熟期多雨潮湿可促进病害发生，近成熟期的果实伤口多少是该病发生轻重的决定条件。
褐腐病菌的发育适温为25℃，但其对温度适应性极强，0℃时仍可缓慢扩展，所以有时冷藏果实仍可大量发病。主要以菌丝和孢子在病果上越冬，翌年春分生孢子借风雨传播，通过伤口或皮孔侵入果实，潜育期5～10天。在贮运中，病害主要通过病健果接触传病。湿度是该病流行的重要因素。高湿度不仅利于病菌的生长、繁殖，孢子的产生、萌发，还可使果实组织充水，增加感病性。
果园管理差、病虫害严重、裂果或伤口多等均可导致褐腐病发生，特别是果树生长前期干旱，后期多雨，褐腐病会大流行。地势低洼、积水，土质瘠薄的果园果实易发病；偏施氮肥，树体生长过旺及管理粗放的小树、幼树及衰老树易发病；果园杂草丛生，枝条过多、通风透光差的果园发病重；以金冠、国光、富士等苹果品种易感病；幼树的嫁接口附近染病较重。
