根腐病在辣椒定植后始发，高湿条件下极易发生，早春和初夏阴雨连绵、高温高湿、昼暖夜凉的气候有利于发病，春季、梅雨季多雨发病严重；种植地低洼积水、田间郁闭高湿、植株茎节受蝼蛄危害伤口多、施用未充分腐熟土杂肥，会加重病情；连作地、低洼地、黏土地、植株根部受伤的田块发病重。低垄栽培、定植密度大或与茄果类蔬菜连作，发病就重。辣椒根腐病还与灌水方式、灌水量、灌水时间有直接关系。如采用水肥软管一体化浇灌发病就轻，大水漫灌发病重，选晴天上午浇灌发病轻，阴雨天大水漫灌发病重。
烟草花叶病毒靠接触及伤口传播，通过整枝打杈等农事操作传染。此外，定植晚、连作地、低洼及缺肥地易引起该病流行。春季多雨、梅雨期间多雨的年份发病严重。地势低洼、排水不良、田间积水、连作及棚内滴水漏水、植株根部受伤的田块发病严重。年度间春季多雨、梅雨期间多雨的年份发病严重。
以厚垣孢子、菌核或菌丝体在土壤中越冬，成为翌年主要初侵染源，通过雨水或灌溉水进行传播和蔓延。播种、定植过早，气温低，地温低于12℃发病重。其传播途径随其毒源种类不同而异，但主要可分为虫传和接触传染两大类。可借虫传的病毒主要有黄瓜花叶病毒、马铃薯Y病毒及苜蓿花叶病毒，其发生与螃虫和葫马的发生情况关系密切，特别遇高温干旱天气，不仅可促进蚜虫传毒，还会降低寄主的抗病性。传播辣椒病毒病的葫马有茶黄蓟马和棕榈蓟马。
