增加土壤有机质，改良土壤促进团粒结构形成，避免养分流失，起到保肥效果。秸秆还田使以往因运走秸秆带走的那部分养分回归到土壤中，减少了土壤养分损失。有机质为土壤微生物和动物提供了食物和能量，增加其活性，从而提高土壤中有效养分的含量。有机质中的氨基酸、腐殖酸等大分子物质是一种很好的鳌合物，可以减少被土壤固定的大量及微量元素养分，提高养分利用率。增加土壤中有机质含量还可以提高土壤的缓冲性能，避免连续施用化肥对土壤pH的影响。需要注意的是，秸秆还田后要多施些氮肥，因为微生物分解秸秆时需要足够的氮，构成微生物本身除了碳外还需要一定比例的氮。秸秆还田是把不宜直接作饲料的秸秆(麦秸、玉米秸和水稻秸秆等)直接或堆积腐熟后施入土壤中的一种方法。农业生产的过程也是一个能量转换的过程，作物在生长过程中要不断消耗能量，也需要不断补充能量，调节土壤中水、肥、气、热的含量。秸秆中含有大量的新鲜有机物料，归还于农田后经过一段时间的腐解作用，可以转化成有机质和速效养分。