防治烟草菌核病可采取以下措施：
1.农业防治：开沟排湿，降低田间湿度。及时摘除“老、黄、病”叶及主茎0.5米以下无柄叶，压低菌源基数，带出田外深埋，截断病害侵染链，改善通风透光条件，降低养分损耗。
2.化学防治：在主茎开花株率95%以上、一次枝梗开花株率达50%左右时，或叶病株率10%以上、茎病株率在1%以下开始喷药最宜，喷药1—2次，间隔7—10天。可用40%菌核净可湿性粉剂1000—1500倍液、50%多菌灵粉剂500倍液、20%甲基立枯磷1000倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂500—1500倍液、50%速克灵可湿性粉剂1500倍液或50%菌核净(纹枯利)可湿粉500-600倍液进行喷施。要对田间、地头、田埂、水渠、路旁等处同样喷施，以杀死菌核病子囊盘。
