选用抗病品种：不同的大豆品种对大豆花叶病毒的抗性有显著差别，选用抗病品种是防治该病的最经济有效的途径。及时拔除田间的病苗，特别是留种田里的病株，减少田间病源，降低种子带毒率。清除田间和地头的杂草，铲除蚜虫的孳生和繁殖场所。通过用化学药剂杀死大豆田内蚜虫，切断病毒传播途径，控制扩散和蔓延。
药剂防治：防治蚜虫，应及时喷药，消灭传毒介体。常用3%啶虫脒乳油1500倍液，或用2%阿维菌素乳油3000倍液，或用10%吡虫啉可湿性粉剂3000倍液，或用2.5%高效氯氟氰菊酯1000－2000倍液等药剂喷雾防治。以上药剂与“天达2116”混配，交替使用，效果更佳。
农业措施：种植抗病品种，适期播种，使大豆开花期在蚜盛发期前，减少早期传毒侵染。建立无病毒种子田，要求在种子四周围100米范围内无该病毒的寄主作物（包括大豆）。种子田在苗期拔除病株，收获前发现病株也应拔除。收获的种子要求带毒率在1%以下，病株率高或带毒率高的种子不能作为下年种植的种子用。
驱避蚜虫：由于田间传毒主要是迁飞的有翅蚜，且多是非持久性的传毒，因此采取驱蚜或避蚜措施比防蚜措施效果好。大豆苗期用银膜覆盖，也可用银膜条间隔插在田间，可起到很好的驱辟蚜虫效果。
