玉米丝黑穗病病菌以散落在土中、混入粪肥或黏附在种子表面的冬孢子越冬，成为翌年的初侵染源，其中土壤带菌在侵染循环中最为重要。冬孢子在土壤中能存活2-3年，结块的冬孢子比分散的存活时间更长。种子带菌是远距离传播的重要途径，但田间传病作用显著低于土壤和粪肥。玉米在3叶期以前是病菌的主要侵染时期，7叶后病菌不再侵染玉米。
玉米丝黑穗病的发病条件是感病品种的大量种植。长期连作致使土壤含菌量迅速增加。使用未腐熟的厩肥。玉米播种至出苗期间的土壤湿度过高或过低都不利于病菌侵入。玉米丝黑穗病只有苗期的初侵染，而无田间的再侵染，故发病轻重取决于，品种的抗病性和土壤内越冬菌源数量以及播种和出苗期间环境因素的影响。
(1)品种抗病性：不同玉米品种对丝黑穗病的抗性存在明显差异。
(2)菌源数量：玉米丝黑穗病菌越冬场所主要是在土壤里，重茬连作造成土壤中菌源大量积累，导致病害逐年加重。连作年限越长，发病越重。
(3)环境条件：该病以土壤带菌传病为主，而且多在幼苗期侵染，因此播种至出苗期间的土壤温、湿度条件，与发病的关系最为密切。土壤温、湿度条件既影响玉米种子的发芽、生长，也影响病菌冬孢子的萌发和侵染。一般侵染的适温与玉米幼苗生长的适温一致，均在25℃左右。土壤含水量的高低直接影响玉米种子萌发和幼苗生长速度。土壤含水量适中，种子发芽快，幼苗生长迅速发病轻；土壤干旱，种子发芽慢，幼苗生长缓慢，则发病重。
