啄癖的发生原因广泛而复杂，主要包括环境、营养、激素和疾病等多个方面。
在环境因素中，禽舍的湿度、温度、通风状况、有害气体浓度、光照强度、饲养密度、外寄生虫侵扰、饲料供应以及垫料条件等都可能引发啄癖。特别是产蛋家禽，如果光照增加过快、过强或不均匀，最终光照时间超过16小时，都会刺激家禽，诱发啄癖。开产时的光照应逐步增加，每天不超过5分钟，一周不超过30分钟。在产蛋高峰期应保持16小时的稳定光照，后期可适当延长0.5-1小时。对于非全封闭鸡舍，夏季应采取遮光措施，如加设黑网，以预防啄肛啄羽。
营养因素同样关键，日粮中蛋白质含量不足、氨基酸（特别是蛋氨酸、胱氨酸）不平衡、粗纤维含量过低、维生素及矿物质缺乏、食盐不足、玉米含量过高等都可能导致啄癖的发生。此外，全价日粮的颗粒料和笼养方式比粉料和平养更容易引发啄癖。
激素因素也不容忽视，产蛋前母禽体内雌激素和孕酮的增加，以及公禽雄激素的增多，都会促使啄癖发生。
疾病因素方面，严重腹泻、产蛋偏大、体重发育不良等引起的脱肛，以及虱、螨等体外寄生虫病造成的皮肤发痒，都是啄癖的诱因。