该病菌主要在棉籽上越冬,棉籽内外都可带菌,多附着在种外短绒上,少数在种内。据测定,棉籽上的短绒、种皮、子叶带菌率分别为65%、17%、16%,因此带菌棉籽是主要的侵染来源。病菌在种子上能存活1-2年,还可在田间未分解的病残体上越冬,但在潮湿土壤中分解后病菌随之死亡。由于土壤微生物的拮抗作用,病菌不能在土壤中长期存活。在轧花时,棉籽短绒上的病菌能相互传染。当带菌棉籽发芽后,病菌首先为害子叶,在潮湿情况下,病斑处溢出大量菌脓,借风、雨、昆虫传播进行再侵染;干燥的菌脓与尘土混合后也可借风雨传播。病菌通过雨后寄主体表的水膜从气孔或伤口侵入,初侵时仅为害气孔四周的细胞,随后不断繁殖为害周围叶肉组织,一般经8-10天即出现症状,最终侵害蕾铃、纤维和种子,使种子带菌。