水稻常见病害包括稻瘟病、稻曲病、纹枯病、细菌性条斑病、白叶枯等，虫害有二化螟、稻丛卷叶螟、稻飞虱、稻蓟马、稻苞虫、稻水象甲等。水稻苗床期主要病害有绵腐病、立枯病、青枯病。绵腐病是水稻秧苗时期常见的真菌性病害。
水稻稻瘟病的预防至关重要。在水稻破口期，约抽穗前3天使用75%三环唑30克/亩进行第一次防治，5-7天后再用春雷霉素2-3克+嘧菌酯5-6克、稻瘟灵或咪鲜胺+春雷霉素等加强防治一次。齐穗期再进行一次防治。若已发生稻瘟病，初期可使用凯润、加收米进行治疗，以取得较好的保产效果。
发病前可使用三环唑类药剂如三环唑、戊唑醇、己唑醇、苯醚甲环唑等进行预防。若已发病，则需使用稻瘟灵治疗，目前最佳药剂为富士一号。
