辣椒的病害种类繁多，主要包括病毒病、真菌病害、细菌病害、线虫及生理病害等。病毒病的病原物达40多种，真菌病害有疫病、炭疽、白绢病、白粉病、褐斑病、白星病、根腐病、菌核病、花腐病、黑霉病、黄萎病、黑斑病、立枯病、猝倒病、霜霉病等。细菌病害有疮痂病、软腐病、青枯病、细菌性叶斑病等。此外，还有根瘤线虫病及生理性病害如日灼病、蒂腐病等。
防治辣椒病害的方法包括农业防治和化学防治。农业防治措施包括选用抗病品种、调整土壤酸碱度、实行轮作防止重茬或连茬。化学防治则是在发病初期喷洒50％苯菌灵可湿性粉剂悬浮剂800倍液、70％甲基托布津可湿性粉剂500倍液、75％百菌清可湿性粉剂600倍液，每7天1次，连喷2-3次。此外，用20%病毒A可溶性粉剂等抗病毒药剂防治病毒病；用阿米西达悬浮剂1500倍或64%杀毒钒可湿性粉剂500倍液防治疫病；用72%农用链霉素可湿性粉剂3000-4000倍防治细菌性斑点病。
辣椒的病虫害从幼苗期至果实采收前都易发生，植株的茎、叶、花蕾和花朵等部位都可能受害。为了防治病虫害，需要选择抗病虫害性优良的品种，种子要提前消毒杀菌，在整个种植期都要进行预防和治疗工作，还要采取措施控制病情和虫害的蔓延。
