引起苗枯的病原主要是串珠镰刀菌。地势低洼，土壤贫瘠，黏土地、盐碱地发病重，播种过深也易发病。土壤积水的田块，苗期会形成芽涝现象，幼苗不能正常生长发育，使根系发育不良引发苗枯病。小麦、玉米是全国的主要轮作方式，近几年小麦根病发生严重，导致串珠镰刀菌、禾谷镰刀菌和玉米丝禾菌等病原菌积累，也加重了苗枯病的发生程度。
种子带菌，其感染率为4.3%～98.3%，平均75.3%。串珠镰孢菌存在于玉米种皮、胚、胚乳组织内，凡种子带菌率高的，玉米出土率、幼苗株高、生长速率、产量均为负相关。经组织切片和用选择性培养基观察，该菌系统性地由受感染种子扩展到幼苗组织内，引致苗枯病发生。生产上播种过早或地势低洼，播种后遇有长期低温高湿易发病。
防治方法：⑴种子处理：用浸种灵按种子重量0.02%拌种后堆闷24-48小时。⑵农业防治：清除病残体及菌核。发病初期摘除病叶，并用药剂涂抹叶鞘等发病部位。选用抗(耐)病的品种或杂交种。实行轮作，合理密植，注意开沟排水。
