用50％多菌灵可湿性粉剂，或50％苯菌灵可湿性粉剂与适量细土拌匀，在定植前均匀撒入定植穴中。发病初期用药液灌根，一般每株灌药液0.2～0.3升，每7～10天灌1次，连续灌2～3次。常用的灌根药剂有50％多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50％苯菌灵可湿性粉剂800倍液，或50％甲基托布津可湿性粉剂500～800倍液，或硫酸铜2000倍液。
茄苗烂根是根腐病症状。防治方法包括农业措施和药剂防治。农业措施方面，有条件的地方可与十字花科蔬菜、葱蒜类蔬菜实行2～3年轮作。实行高畦栽培，避免雨后或灌溉后根系长期浸泡在水里，提高地温，促进根系发育，增强抗病力。雨后要及时排除田间积水，降低土壤湿度。药剂防治方面，用50％多菌灵可湿性粉剂，或50％苯菌灵可湿性粉剂与适量细土拌匀，在定植前均匀撒入定植穴中。发病初期用药液灌根，常用药剂有50％多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50％苯菌灵可湿性粉剂800倍液，或50％甲基托布津可湿性粉剂500～800倍液，或硫酸铜2000倍液等。由于此病病菌对铜离子很敏感，用硫酸铜溶液灌根效果很好，但注意不要过量，以防产生药害。
