稻曲病主要以菌核在土壤越冬，翌年7～8月间萌发形成孢子座，孢子座上产生多个子囊壳，其内产生大量子囊孢子和分生孢子；也可以厚垣孢子附在种子上越冬，条件时宜时萌发形成分生孢子。孢子借助气流传播散落，在水稻破口期侵害花器和幼器，造成谷粒发病。据江苏省农科院植保所研究，病菌侵染始于花粉母细胞减数分裂期之后和花粉母细胞充实期，而花粉母细胞充实期前后这段时间是侵染的重要时期。
稻曲病的发病原因主要包括气候条件、品种特性和栽培管理。气候条件是影响稻曲病菌发育和侵染的重要因素，稻曲病菌在温度为24℃—32℃均能发育，以26℃—28℃最为适宜，34℃以上不能生长。在水稻抽穗扬花期雨日、雨量偏多，田间湿度大，日照少一般发病较重。品种方面，一般晚熟品种比早熟品种发病重；秆矮、穗大、叶片较宽而角度小，耐肥抗倒伏和适宜密植的品种，有利于稻曲病的发生。栽培管理粗放，密度过大，灌水过深，排水不良，尤其在水稻颖花分泌期至始穗期，稻株生长茂盛，若氮肥施用过多，造成水稻贪青晚熟，剑叶含氮量偏多，会加重病情的发展，病穗病粒亦相应增多。
