辣椒褐腐病染病组织由褐转黑,脱落或掉到枝上。湿度大时病部密生白色或灰白色的毛状物,顶生肉眼可见的大头针状、球状体,即孢囊梗或孢子囊。花器染病,由褐变黑,脱落或掉到枝上。果实染病,变褐软腐,果梗呈灰白色或褐色。