甘蔗黑穗病的防治方法包括选用抗病品种、种苗消毒、合理轮作、加强田间管理、及时拔除病株和种苗消毒等措施。具体方法如下：
1.选用抗病品种，如新台糖1号、9号、10号、16号、25号等品种等。
2.选择无病或少病蔗种苗，用52℃热水浸种18～30分钟或50℃热水浸种30分钟至2小时，对防治黑穗病效果好。
3.合理轮作，减少宿桩年限，黑穗病在宿桩上感染较重，新植蔗感染较轻；加强田间管理，及时施肥培土，增强抗病能力；新植蔗种植时，用生石灰水浸泡蔗种2小时左右，可以有效预防黑穗病。
4.用热水加药剂浸蔗种，杀菌效果好，药剂可用25%三唑酮可湿性粉剂500倍液，或50%克菌丹可湿性粉剂500倍液，或80%喷克可湿性粉剂500倍液。
5.在蔗田间发现黑穗时，先用塑料袋套包住黑穗，并捆缚好，然后把黑穗割除，这样黑粉不会松开散粉侵染。见一株处理一，不可余漏，割除的黑穗要集中烧毁。黑穗切勿随意丢放和喂牛，避免随风飞流，二次感染传播。
6.实行轮作。与水稻、玉米、甘薯、花生或苜蓿等作物轮作。
7.增加新植面积，种植无病种苗。从无病区调种。在病区要选留无病株的第一度梢头苗做种。
8.最好在抽出黑穗前拔除病株。抽出黑鞭的要小心剪下放在塑料袋内，带出田外集中烧毁。病田不留宿根，病株残茬也要烧毁。
9.施足基肥，注意氮磷钾肥合理配合施用。适时灌水，及时培土，防止倒伏，减少侧芽生长。
10. 种苗消毒带菌种苗用52℃热水浸种18～30分钟，加入25%三唑酮可湿性粉剂或80%喷克可湿性粉剂500倍液效果更好。也可用1：100的43%福尔马林液浸种5分钟，然后用薄膜覆盖闷种2小时。或70%代森锰锌可湿性粉剂1：500倍浸种5～7分钟。也可用3%石灰水浸种24小时。
