茼蒿菌核病主要发生在茎基部，苗期和成株期均可发病。初期病部呈水浸状褐色腐烂，湿度大时，表面长出白色菌丝体，后期形成鼠粪状黑色颗粒状菌核，导致植株倒折或枯死。叶片受害时，出现灰色至灰褐色湿腐状大斑，病斑边缘不明显，湿度大时斑面产生絮状白霉，最终叶片腐烂。
防治措施包括：实行与非茄科及十字花科蔬菜轮作；及时清洁田园，病果带出田外烧毁或深埋；培育壮苗，合理密植，雨季及时排水；保护地栽培加强通风，控制湿度；发病后喷施速克灵、扑海因或农利灵等农药，隔8至9天一次，连续2至3次。此外，及时防治棉铃虫等蛀果害虫。