根腐病萎蔫是由一种疫霉菌引起的，病原菌侵入后在茎杆基部靠近土壤表面的地方出现黑色病斑，导致植株根系吸收的水分不能顺利运送到植株上部而形成萎蔫。该病原菌喜欢高温高湿，容易通过伤口侵染。在9-10月份，当白天温度超过30℃且土壤因大水漫灌长时间潮湿时，容易诱发根腐病。特别是苗期徒长的番茄植株，菜农常将茎杆基部多余部分埋入土壤中促生新根，虽有利于植株生长，但病菌易通过摘叶和打疯杈造成的伤口感染。
西红柿病害种类繁多，主要包括病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病和溃疡病等。这些病害在生产中常同时或交替发生，发病早、来势猛、流行快、危害重。虫害主要有蚜虫、温室白粉虱和棉铃虫等。苗期易感染立枯病、枯萎病，害虫有白粉虱、蚜虫、蓟马等。
番茄虫害包括棉铃虫、烟青虫、苜蓿夜蛾、茄黄斑螟、马铃薯块茎蛾、蚜虫、西红柿木虱、二十八星瓢虫、美斑潜蝇、吸果夜蛾、蓟马、粉虱、枯叶夜蛾、跳虫、神泽叶螨、茶黄螨等。病害有猝倒病、立枯病、茎基腐病、早疫病、晚疫病、灰霉病、菌核病、白绢病、叶霉病、煤霉病、枯萎病、黄萎病、斑枯病、芝麻斑病、灰叶斑病、根腐病、茎枯病、白粉病、绵疫病、炭疽病、细菌性斑疹病、溃疡病、青枯病、疮痂病、病毒病、根结线虫病等。
西红柿在种植过程中常见病害有灰霉病、病毒病、早疫病、晚疫病、叶霉病、叶斑病、青枯病、根腐病、白粉病等。生长过程中主要病虫害包括根腐病、立枯病、猝倒病、疫病、霜霉病、灰霉病、菌核病、叶霉病、褐斑病、白粉病、疮痂病、炭疽病、病毒病、蝼蛄、地老虎、蛴螬、白粉虱、红蜘蛛、蚜虫、斑潜蝇、蓟马、烟粉虱、斜纹夜蛾等。
