奶牛发生流产，往往是由于生殖器官异常或患有某些疾病。大多数奶牛在患病后未彻底治愈或子宫不卫生，使其在配种妊娠后，容易在胎盘出现炎症，导致胎盘和胎儿被病菌侵害而引起流产。另外，奶牛肝脏、肾脏、神经和胃肠系统发生疾病，以及贫血或大量失血，也容易引起流产。有些奶牛在妊娠到一定阶段会发生习惯性流产，通常是由于近亲繁殖，子宫发育不全，子宫内膜发生硬结、变性，或卵巢机能被抑制而引起。
环境因素也会导致流产。设施简陋，饲养密度过大，使母牛经常拥挤或顶撞。冬季气候寒冷，牛舍内环境潮湿，地面结冰，母牛滑倒引起。饲养人员行为粗暴，打斗造成。在引进运输和生活环境的变化较大，使孕牛受到惊吓而产生应激反应。新环境过于潮湿、闷热，夏天气温超过25℃以上，母牛容易中暑，引起。平常很少运动的牛，突然进行剧烈的运动。公、母牛同舍等均可引起流产。
奶牛的心、肺、肝、肾及肠道疾病，子宫内膜炎、宫颈炎等生殖系统疾病，严重的大出血、下痢和臌气等都易造成怀孕牛流产。引起奶牛流产的疾病有多种，如布病、结核病等传染病，外力损伤、孕检等外科因素，饲草料霉变、营养不良、冬季冰渣水等饲养管理问题，以及药物使用不当等。