玉米丝黑穗病和玉米瘤黑粉病在危害部位、传播方式、症状表现、感病时期和侵染循环等方面存在显著差异。玉米丝黑穗病仅危害玉米的雌雄穗,而玉米瘤黑粉病则可危害全株的各个器官。丝黑穗病通过带菌土壤传播,瘤黑粉病则可通过土壤和气流传播。丝黑穗病的黑粉苞内有丝状物,黑粉粘结成块不易飞散;瘤黑粉病的黑粉苞内无丝状物,瘤状物多个,黑粉易飞散。丝黑穗病在幼苗期感病,瘤黑粉病则在玉米的整个生育期均可感染。丝黑穗病菌通过家畜消化道仍能保持生命力,瘤黑粉病菌通过消化道排出后便失去发芽力。丝黑穗病为系统性侵染病害,病苗矮化,节间缩短,叶片密集,叶色浓绿,株形弯曲,穗期出现典型症状,病穗不吐花丝,除苞叶外整个果穗变成一个大黑粉苞,苞叶通常不易破裂,黑粉不外漏,后期有些苞叶破裂散出黑粉,黑粉一般黏结成块,不易飞散,内部夹杂丝状寄主维管束组织。瘤黑粉病为局部侵染性病害,在玉米整个生育期,任何地上部的幼嫩组织都可受害,一般苗期发病较少,抽雄后迅速增加,病瘤在不同部位而有所差异,病瘤开始白色,后带粉红色最后变灰色而破裂,散出黑粉。