症状是穗腐。在小麦开花至乳熟期，小穗颖片出现水渍状淡褐色斑点，进而扩展到全穗。气候潮湿时，感病小穗的基部出现粉红色胶黏霉层，后期产生煤屑状黑色颗粒。小麦自苗期至穗期都可受赤霉病的危害，引起麦苗枯死、麦株茎基部腐烂或麦穗干腐等症状，其中以麦穗干腐危害最大。
苗枯死症状：先是小麦的根冠或者芽鞘变褐腐烂，接着病苗变得又黄又弱，最后麦苗枯萎死亡，又称为“苗腐”。基腐症状：基腐主要发生在小麦成株期的茎期部。受害轻的茎基部变褐软腐；受害重的茎基部腐烂变软，会使植株枯萎死亡，其病茎断口处带有粘性。
穗腐症状：穗腐主要在小麦开花后发生，初期在小穗和颖壳上出现水溃或淡褐色病斑，然后逐渐蔓延到整个小穗，呈桔黄色。一般每穗有一个或几个小穗发病，当病斑扩展到穗轴或穗颈时，部分小穗便变黄枯死。在潮湿条件下，后期病穗上可产生紫黑色小颗粒，即为病菌的子囊冗。
小麦赤霉病从苗期到穗期均可发生，引起苗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，以穗腐危害最大。湿度大时，病部均可见粉红色霉层。苗腐：由种子带菌或土壤中的病菌侵染所致。先是芽变褐，然后根冠腐烂。轻者病苗黄瘦，重者幼苗死亡。手拔病株易自腐烂处拉断，断口褐色，带有黏性的腐烂组织。
茎基腐：腐幼苗出土至成熟均可发生，麦株基部组织受害后变褐腐烂，致全株枯死。秆腐：多发生在穗下第一、二节，初在叶鞘上出现水渍状褪绿斑，后扩展为淡褐色至红褐色不规则形斑，病斑也可向茎内扩展。病情严重时，造成病部以上枯黄，有时不能抽穗或抽出枯黄穗。
穗腐：发生初期，在小穗和颖片上出现小的水渍状淡褐色病斑，后逐渐扩大至整个小穗，小穗枯黄。湿度大时，病斑处产生粉红色胶状霉层。后期其上密生小黑点，即子囊壳。后扩展至穗轴，病部枯褐，使被害部以上小穗形成枯白穗。小麦赤霉病在全世界普遍发生，从幼苗到抽穗都可受害，主要引起苗枯、茎基腐、秆腐和穗腐，其中为害最严重的是穗腐。
