小麦锈病的防治措施包括农业防治和药剂防治两种方法。在农业防治方面，应因地制宜种植抗病品种，并注意抗病品种的合理布局和轮换。在锈菌的越夏基地麦收后及时翻耕灭茬，消灭自生麦苗，减少越夏菌源。冬麦播种不宜过早，采用配方施肥，避免偏施氮肥，及时浇水补充因孢子堆表皮破裂而损失的水分。
在药剂防治方面，可进行药剂拌种。小麦播前选用种子量0.2%的3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂，或种子量0.06%的6%戊唑醇悬浮种衣剂拌种包衣，兼治小麦腥黑穗病、白粉病、锈病等病害。叶面喷雾时，田间发现有条锈病为害时，要及时采取发现一点打一片，发现多片全田打药的策略。一般喷药越早，防治效果越好。发生较重或雨日天气多要连喷2-3次，七天一次，发病中心及其植株要重点喷施，药剂可以亩用12.5%氟环唑50-60毫升，拿敌稳20克。
此外，每亩用15%粉锈宁可湿性粉剂50克或20%粉锈宁乳油每亩40毫升，或25%粉锈宁可湿性粉剂每亩30克，或12.5%速保利可湿性粉剂每亩用药15～30克，对水50～70公斤喷雾，或对水10～15公斤进行低容量喷雾。
有机小麦田条锈病的防治包括种子管理和栽培管理。引进小麦种子时，可轮换选用抗(耐)病品种。栽培管理方面，指导麦区合理布局小麦品种，避免种植单一小麦品种，不单种具有垂直抗性的品种，应选种抗源类型不同的品种。
