发病初期,在地表或近地表的叶鞘上产生黄褐色椭圆形或梭形病斑,逐渐扩大并向内侧发展为害茎部,重病株基部一、二节变黑甚至腐烂,常早期死亡。小麦生长中期至后期,叶鞘上的病斑呈云纹状花纹,严重时包围全叶鞘,使叶鞘及叶片早枯。小麦受纹枯菌侵染后,在各生育阶段出现烂芽、病苗枯死、花秆烂茎、枯株白穗等症状。烂芽芽鞘褐变,后芽枯死腐烂,不能出土;病苗枯死发生在3—4叶期,初仅第一叶鞘上现中间灰色,四周褐色的病斑,后因抽不出新叶而致病苗枯死;花秆烂茎拔节后在基部叶鞘上形成中间灰色,边缘浅褐色的云纹状病斑,病斑融合后,茎基部呈云纹花秆状;枯株白穗病斑侵入茎壁后,形成中间灰褐色,四周褐色的近圆形或椭圆形眼斑,造成茎壁失水坏死,最后病株因养分、水分供不应求而枯死,形成枯株白穗。