预防番茄软腐病，在种植期应加强田间管理，并及时整枝、抹芽，避免果实遭受日灼。若染病，可选用噻菌铜可湿性粉剂、叶枯唑可湿性粉剂或松酯酸铜乳油进行喷施防治。主要防治措施包括：
1.种子处理：选用无病种子，或用55℃温水浸种20分钟灭菌。
2.农业防治：加强肥水管理，避免使用未腐熟的肥料，及时整枝、打杈；选择晴好天气进行植株管理，促进伤口尽快愈合，避免阴雨天或露水未干之前整枝；发现病果、病株及时清理并销毁；及时防治蛀果害虫，减少虫伤。
3.化学防治：发病初期喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，77%氢氧化铜可湿性微粒粉剂500倍液，25%络氨铜水剂500倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，8～10天喷1次，连喷2～3次。
