秸秆还田是当今世界上普遍重视的一项培肥地力的增产措施，在杜绝了秸秆焚烧所造成的大气污染的同时还有增肥增产作用。但若方法不当，可能会出现各种问题，首先就是有碍主茬小麦的出苗和苗齐苗壮；如果农田土壤保墒措施再跟不上，还会加速耕层土壤“绿水”的丢失，进而对于冬小麦的创高产不利。可以说，秸秆还田的麦田出苗不齐和苗黄问题是秸秆还田操作不标准，连带引起小麦播种质量差所造成的。
秸秆本身碳氮比为65－85：1，而适宜微生物活动的碳氮比为25：1，秸秆还田后土壤中氮素不足，使得微生物与作物争夺氮素，结果秸秆分解缓慢，麦苗因缺氮而黄化、苗弱，生长不良。秸秆粉碎必须符合规定要求。有的地块粉碎后的秸秆过长，其长度大于10厘米，不利于耕翻，影响播种。土壤大小孔隙比例一定要合理。秸秆还田后，使土壤变得过松、大孔隙过多，导致跑风，土壤与种子不能紧密接触，影响种子发芽生长，使小麦扎根不牢，甚至出现吊根。注重补施氮、磷、钾肥料。秸秆还田后，增施速效氮肥，可降低土壤中的碳氮比，从而利于微生物的活动，满足幼苗生长对氮素的需要。