要预防芹菜根结线虫病，应实行轮作，并清洁田园，将病叶病根清除，并深翻土壤进行暴晒，并施入爱福丁乳油灭虫。在发病初期，可以用爱福丁乳油进行喷施或者灌根，隔10至15天灌一次。根结线虫通常在0—30cm的土壤中活动，可以在7月或8月采用高温闷棚进行土壤消毒，地表温度可达72.2℃，地温49℃以上，也可杀死土壤中的根结线虫和土传病害的病原菌。
利用夏季高热，杀死大部分线虫。同时，可以把土壤中根结线虫赖以生存的植物残体分解掉。要求翻耕深度25cm以上，使土壤深层中的线虫翻到土表，且使表层土壤疏松，日晒后土壤含水量降低，不利于线虫存活。及时清除菜棚内病根、病株、病残体、杂草并集中烧毁，对在有病棚中使用过的农具也要进行擦拭或消毒，防止根结线虫病传播蔓延。
淡紫紫孢菌可有效抑制根结线虫的活动和生长，是防治根结线虫的关键，可以选用以此为主要成分的线翘翘配合根结线虫的防治工作。提倡采用高温闷棚防治保护地根结线虫和土传病害。在7月或8月，采用高温闷棚进行土壤，地表温度可达72.2℃，地温49℃以上，可杀死土壤中的根结线虫和土传病害的病原菌。提倡水旱轮作效果好，与禾本科作物轮作。与感根结线虫病的黄瓜、甜瓜轮作，可起到减轻下茬损失、控制下茬根结线虫的作用。
采用营养钵和穴盘无土育苗。采用无土育苗是防治根结线虫的一种重要措施，能防止茄子早期受根结线虫为害，且秧苗质量好于常规土壤育苗。根结线虫为害严重的地区也可采用嫁接的方法防治茄子根结线虫病，且可兼防茄子枯萎病、根腐病、青枯病等。
