黄豆空粒即秕荚，自然发生率较高，主要由花荚期特别是鼓粒期的高温干旱或阴雨连绵等不适气候条件造成。以下是导致黄豆空粒的主要原因：
1.品种差异：中晚熟品种的空粒率较高，而早中熟品种较轻。
2.气候因素：旱涝灾害是导致高秕率的关键因素。大豆花荚期最佳降雨量为180毫米，涝害比干旱危害更大，尤其是内涝，会增加空秕率和倒伏率。播种期干旱会推迟播种，减少生育期间能量积累，后期低温则影响灌浆速度，都会导致空秕率上升。
3.土壤营养：土壤缺硼和钼是另一重要原因。这两种微量元素对大豆发育至关重要，尤其是荚果形成。土壤耕作层中硼和钼含量低，且不追肥，会增加空秕率。重茬种植大豆时，单株空秕率逐年增加。此外，施肥深度浅、种肥同床同位等问题也会降低肥料利用率，影响产量。
其他可能的原因包括品种退化、引种不当、温度过高或过低、降雨过少或过多以及栽培措施不当等。