西葫芦菌核病为真菌性病害，由核盘菌引起，属于囊菌门真菌。菌核在土壤中或混杂在种子内越冬，通过残败花瓣的表皮或伤口侵入植株体内，借助气流或田间作业传播。当气温在15℃-20℃、相对湿度85%以上时易发病。病原菌以菌核形式落在土中或混杂在种子中越冬、越夏。混在种子中的菌核随播种进入田间，遗留在土中的菌核在适宜温湿度条件下萌发，产生子囊盘并释放子囊孢子，随气流传播侵染衰老花瓣和叶片，长出白色菌丝，危害柱头和幼瓜。病菌对水分要求较高，低温、湿度大、多雨的早春和晚秋有利于发病和流行。连作田块、排水不良的低洼地，偏施氮肥、霜害、冻害条件下发病重。田间带菌雄花落在健叶、茎上经菌丝接触易引起发病。
主要为害果实及茎蔓。果实染病时，残花部先呈水浸状腐烂，后长出白色菌丝，菌丝上散生鼠粪状黑色菌核。茎蔓染病，初呈水浸状，病部变褐，后也长出白色菌丝和黑色菌核，病部以上叶、茎蔓枯死。
