在田间发病，主要危害叶鞘、花梗及鳞茎颈部形成淡褐色的病斑，内部腐烂，潮湿时病部长满灰色粉状霉。在叶尖发病，先为白色椭圆或近圆形斑，直径1-3毫米，病斑不断扩大，能连成片而使叶卷曲枯死，湿度大时可发生灰霉。在花薹和小花上的病症，与叶尖发病相同。洋葱灰霉病在贮藏期发病，先在颈部或肩部出现稍凹陷的病斑，而后变软，呈淡褐色，鳞片间有硬色霉层，后期产生黑褐色小菌核。鳞茎感病后常被软腐病茁再次侵入，招致腐烂、发臭。
洋葱灰霉病发病重的原因有：1、与种植不抗病品种有关。2.与地势低洼、土质黏重有关。3.与种植密度过大、偏施氮肥有关。4.与阴雨天气过多，雨后田间积水有关。5.与收获后，田间未完全清除病残体有关。该病病菌以菌丝体、菌核随病残体或鳞茎在田间或贮藏库越冬。空气传播，经伤口侵入，喜低温高湿，遇长期阴雨容易发病。收获时遇雨，晾晒未干，或贮藏时湿度大，容易发病。洋葱成株期发病最重。低温、高湿是流行、发病的条件。在地势低洼，土质黏重，阴雨连绵，雨后易积水，种植密度过大，偏施氮肥，植株徒长或旺长，降低了植株的抗病能力均能引起发病。洋葱收获前遇雨，收获前不能充分琼晒，也会招致发病。
洋葱霜霉病，春季出现病斑，幼苗感病后生长不良，叶无光泽，叶身扭曲，当空气湿润时，病斑生出稀疏的白色或灰紫色霉状物。洋葱灰霉病以菌丝、分生孢子或菌核越冬和越夏。翌年条件适宜时，菌核萌发产生菌丝体，又产生分生孢子，或由菌丝、分生孢子随气流、雨水、浇水传播，病菌从气孔或伤口等侵入叶片，引起发病。洋葱受到灰霉病危害后，被害叶片上初生白色至浅灰褐色的小斑点，后斑点逐渐扩大，相互融合成椭圆形眼状棱形大斑。鳞茎发病，湿度大时，病斑密生灰褐色绒毛状霉层或霉烂、发黏、发黑。