主要危害辣椒根茎部及维管束,发病初期,植株叶片特别是顶部叶片出现白天调萎、早晚恢复的现象;发病严重时,植株生长发育不良,株型矮小,根部徘徊腐烂,最后植株枯死但叶片仍呈绿色。根腐病主要危害植株根部,发病初期只是个别支根和须根变成褐色、腐烂,之后逐渐向主根扩展,造成根部大部分腐烂,地上部分枯死,严重影响植株产量与质量。通常病部仅局限于根部和茎基部,尤其是在刚定植完至开花坐果这段时间容易发生。发病初期植株缓苗慢,发育不良,后期病株白天萎蔫,傍晚和次日清晨尚可恢复,反复多日后植株枯死。病株茎基部及根部皮层变为褐色至深褐色,呈湿腐状。然后病部缢缩、腐烂,皮层易剥离,露出暗褐色的木质部。主根感病后,早期植株不表现症状,后随着根部腐烂程度的加剧,吸收水分和养分的功能逐渐减弱,地上部分因养分供不应求,新叶首先发黄。主要为害甜、辣椒茎基部及维管束,病株部分枝和叶片变黄萎蔫,茎内维管束褐变,湿度大或生育后期茎基部或根茎部腐烂,有时可见粉红色菌丝及点状粘质物,即病原菌分生孢子梗和分生孢子。