在根腐病发生较重的地区，应采用含杀菌剂的种衣剂进行玉米种子包衣处理，或在播种前用杀菌剂拌种。对于镰刀菌和丝核菌引起的根腐病，可以选用75％百菌清可湿性粉剂、50％多菌灵可湿性粉剂、80％代森锰锌可湿性粉剂以种子重量的0.4％拌种，也可以用卫福拌种剂直接拌种。对于腐霉菌根腐病，则应选择杀卵菌药剂，如58％甲霜灵锰锌可湿性粉剂、64％杀毒矾可湿性粉剂、绿亨1号拌种剂等药剂以种子重量的0.4％拌种。
增施硫酸钾、氯化钾或含钾复合肥，每亩用纯钾6～7公斤作基肥。多划锄，提高地温。加强肥水管理，促苗壮。杜绝病株秸秆还田，减少再侵染源。用钾肥灌根防治，病株率在10％以上的，亩用氯化钾3～5公斤，或草木灰50公斤。病株率在10％～20％的，亩用氯化钾8～10公斤，或草木灰80～100公斤。病株率在30％以上的，亩用氯化钾10～15公斤，或草木灰100～150公斤。施用时，将氯化钾溶水灌埯，草木灰宜单独施用，切忌与化肥和水粪一起施用。也可选用多元复合微肥加磷酸二氢钾叶面喷雾。
药剂防治，用40%根腐宁600倍液或50%多菌灵+40%乙磷铝1000倍液或70%甲基托布津+40%乙磷铝1000倍液每株用100克药液灌根。加强田间管理：及时清除病株、病叶、病根与杂草，并一同烧毁处理。合理密植，控制田间透光度。加强水肥管理，使苗壮抗病力强。除施足基肥外，要通过叶面喷施多肽酵素、多元素、叶巛根等叶面肥提高植株自身抗病能力。
