苗期至成株期均可发病,距地面5-30厘米处发病最多。瓜被害时,脐部形成水浸状病斑,软腐,表面长满棉絮状菌丝体。茎部被害,初现退色水浸状病斑,逐渐扩大呈淡褐色,病茎软腐,长出白色棉絮状菌丝体,茎表皮和髓腔内形成坚硬菌核,植株枯萎。幼苗发病时,近地面幼茎基部出现水浸状病斑,迅速绕茎一周,导致幼苗猝倒。在适宜湿度和温度下,病部先生成白色菌核,老熟后为黑色鼠粪状颗粒。主要危害茎基部和果实,也能危害茎蔓和叶。茎发病部位主要在茎基部和茎分杈处,初始产生水渍状斑,扩大后病部呈灰白色,病茎皮层组织软腐,病部以上茎杆枯死、叶片凋萎。田间湿度高时,病部产生一层白色棉絮状菌丝体,菌丝生长旺盛时密生白色菌丝。茎染病,发病部位主要在茎基部和茎分杈处,初始产生水浸状斑,扩大后呈淡褐色,病茎软腐纵裂,病部以上茎蔓和叶凋萎枯死。湿度高时病部长出一层白色棉絮状菌丝体,受害后茎杆内髓部受破坏,发病末期腐烂而中空,剥开可见白色菌丝体和黑色菌核。菌核鼠粪状,圆形或不规则形,早期白色,后期外部变为黑色,内部白色。果实染病,初始在幼果脐部,水浸状腐烂,果表长白色棉絮状菌丝及形成黑色粒状菌核。叶片染病,初呈水浸状斑,扩大后成灰褐色近圆形大斑,边缘不明显,病部软腐,并产生白色棉絮状菌丝,一般在叶片上不产生黑色鼠粪状菌核,只在发病严重时产生。茎蔓感病时,一般先从近地面处或侧枝分杈处开始,初呈褪绿色水浸状病斑,扩大后呈淡绿色,高湿条件下,病茎软腐,长出白色毛状菌丝,病茎表皮腐烂中空,干燥时茎表皮纵裂,病部以上叶片萎蔫后枯死。黄瓜菌核病主要为害茎蔓和果实,苗期和成株期都可发生。茎蔓受害初期呈现淡褐色水渍状斑,茎蔓软腐,长出白色菌丝,病茎纵裂干枯,病部以上茎叶萎蔫枯死,病茎内有鼠粪状黑色菌核。果实受害,先侵染残花部,形成水浸状病斑腐烂,表面长满棉絮状菌丝体后形成黑色菌核。病原为真菌,随病残体在土壤中越冬,随气流传播蔓延,侵染衰老的花瓣或叶片。低温、高湿或多雨的早春或晚秋利于该病发生和流行。