萝卜病害主要是病毒病和黑腐病。病毒病至今无特效药剂，主要办法是治蚜，防止高温干旱。黑腐病是由黑腐菌引起的病害，主要症状是根部中心变黑以及肉质根的维管束变黑腐烂。病菌在种子、病株残体上越冬，借雨水昆虫传播。应该选用抗病品种，一般青萝卜轻，白萝卜重，也可用50温汤浸种30分钟，或福美双100倍液浸种2小时，可喷洒800倍液代森铵等。萝卜种植病害防治首先要选用适合本地生长发育的抗病品种，倒茬轮做种植，合理密植，施用发酵腐熟有机肥配合施用一定数量复合肥等综合防治措施。
萝卜蚜适应范围广，较低温度时，萝卜蚜发育也较快。田间杂草较多，天气干旱的年份发生严重。年发生代次，长江流域为30代左右，华南可发生40多代，华北为10~20代，世代重叠严重。在长江流域及其以南地区或北方加温温室中，蚜虫终年营孤雌胎生繁殖，无明显越冬现象；在北方地区，以卵在秋白菜上越冬。越冬卵到翌年3~4月孵化为干母，在长江流域每年的春秋两季是发生高峰，秋季发生要比春季严重。
