根腐病病菌主要在高温、高湿的天气，湿度特别大的时候易发生。尤其进入雨季多发季节，下过雨之后，地温高，热气一腾，湿度就会特别大。香菜大面积患有根腐病病菌。另外长期连作导致土壤中养分缺失、病原物积累多，出苗后易出现病害，直接导致植株死亡。香菜软腐病防治主要是土壤消毒和拌种，加强水肥管理，预防病虫害。发病初期可以用噻菌铜喷雾防治。
防治方法：
1.实行2年以上轮作。
2.栽植、松土或锄草时避免伤根。培土不宜过高，以免把叶柄埋入土中。
3.发现病株及时挖除并撒入石灰消毒。雨后及时排水。发病期减少或暂停浇水。
4.农药防治。在发病初期喷72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂3000～4000倍液，或30%氧氯化铜悬浮剂800倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500～600倍液，或95%CT杀菌剂水剂(醋酸铜)500倍液。每隔7～10天喷1次，连续2～3次。采收前3天停止用药。
软腐病为细菌性病害，预防为主。轮作，加强水肥管理，控制土壤湿度，用农用链霉素、噻菌铜、中生菌素防治。种子处理，土壤杀菌。发病初期可选用72%农用链霉素可溶性粉剂或新植霉素3000倍液喷施，连喷2～3次，采前3天停止用药。
尽量避免在低洼地上种植，湿度不能长期过大。药剂防治以土壤处理为主，可用多菌灵1kg拌土50kg，播前撒于播种沟内。在易发病地块可结合浇水灌入重茬剂300倍液。因根腐病一般都在10月份冬前发病，所以应在扣棚前进行防治，主要用“普力克”500倍液或“多菌灵”600倍液灌根。