小麦条锈病主要发生在叶片上，其次是叶鞘和茎秆，穗部、颖壳及芒上也有发生。苗期染病时，幼苗叶片上产生多层轮状排列的鲜黄色夏孢子堆。成株叶片初发病时，病斑呈小长条状，鲜黄色，椭圆形，与叶脉平行，且排列成行，像缝纫机轧过的针脚一样，呈虚线状。后期表皮破裂，出现锈褐色粉状物，用手触摸病斑会在手上留下锈粉。小麦近成熟时，叶鞘上出现圆形至卵圆形黑褐色病斑，埋伏在表皮内，成熟时不开裂。
发病初期，受害部位出现褪绿斑点，随后产生多层轮状排列的鲜黄色孢状夏孢子堆，后表皮破裂，出现鲜黄色粉状物。麦杆、叶鞘和叶片在发病初期出现褪绿黄斑，随后形成粉疮，颜色为铁锈色，即夏孢子堆，而到后期阶段产生疮斑，颜色为黑色，即冬孢子堆。
小麦条锈病破坏叶绿素，造成光合效率下降，掠夺植株养分和水分，增加蒸腾量，灌浆受阻，粒重下降。
